Debe ser de expulsión espontánea, no es recomendable recolectarla con ayuda de enemas, laxantes u otros. Es importante que la muestra no se contamine con orina.

Recolectar una pequeña cantidad de materia fecal (equivalente al tamaño de un frijol), ó 5 - 10 ml, si es líquida en un frasco plástico. Cualquiera de las deposiciones del día, y de la parte de la materia fecal más blanda, o que contenga moco o sangre debe almacenarse en un frasco limpio, de boca ancha y tapa rosca.

Marcar el recipiente con los nombres, apellidos completos y el documento de identidad.

Las muestras recogidas en pañal, deben ser recogidas al revés por el lado plástico hacia adentro, y luego pasar la muestra al recipiente, ya indicado para llevarla al Laboratorio.

Debe llevar la muestra al Laboratorio, lo más pronto posible después de su recolección.